La ciudad de Cobán está ubicada a 212 km de la ciudad de Guatemala. Limita al norte con el departamento de Petén; al sur con los municipios de San Cristóbal Verapaz,Santa Cruz Verapaz,Tactic y Tamahú; al este con los municipios de Chisec, San Pedro Carchá y San Juan Chamelco; y al oeste con el departamento del Quiché.
Se ubica en la latitud 15° 28′ 07″ y longitud 90° 22′ 36″. Cuenta con una extensión territorial de 2,132 km². Su altura es de 1316 MSNM, el monumento de elevación se encuentra en la cabecera departamental. Debido a que tu terreno es kárstico en su mayoría, su topografía es variada, con montañas y simas o siguanes que sobrepasan los 1,000 m de elevación y los 100 m de profundidad respectivamente; las tierras bajas descienden hasta unos 300 metros sobre el nivel del mar en el área norte, cercana al departamento de Petén.
Está ubicado en medio de la plataforma Karstica central (calizas) convirtiendo esta ciudad en la meca de las grutas y cavernas las cuales están siendo exploradas desde hace varios años por espeleólogos guatemaltecos como Orion Asturias.
Otros estudios cartográficos y biológicos están siendo compilados por un grupo de espeleólogos estadounidenses, canadienses y franceses y que estarán en publicación en breve.
El clima cambia en relación con la elevación y sinuosidades del terreno.